身為宣教師，馬偕總是在東方與西方的思想方式中追求平衡，因此他的思想往往跳脫教條與體制的框架，所見不凡而特別具有生命力！
馬偕觀察到建造教會有一個必須避免的偏差：「人很有可能在異教之地耗費太多的時間，因為想要讓信徒像家鄉的基督徒一樣，以致忽略『福音傳到未得之地』的呼召。」由於追求教會本身的完美是無止境的，當教會只想到追求自己的進步時，將失去宣教的活力而淪為只顧自己需要的教會。
以「自己」為中心的想法是一個通往自私的陷阱，有人說想要在家鄉把福音傳遍後才去遙遠的外地傳福音，如此的「家鄉」就成為一種劃地自限的限制；有人想要把關注大量集中在教會內信徒的提升與進步，卻可能被這教會門內的少數人限制，而忽略教會門外有許多尚未聽聞福音的大眾。
馬偕認為，「一個有好的管理的宣教區應該是既掌握每日的例行工作，又能實際為數百萬失散的靈魂勞力。」這對今日台灣教會是一個非常重要的提醒與挑戰。所謂「每日的例行工作」究竟是什麼？教會信徒需要栽培和教導、又需要牧養和代禱、還需要安慰、鼓勵…..，如此一直下去的話，可以開出一張很長很長的表單而永遠做不完，諸如婚喪喜慶、開幕蓋房、送行入厝、滿月做壽等，還有逢年過節般的教會節慶—母親節、感恩節、聖誕節、復活節等，當教會傳道人與同工忙完這一切之後，究竟還有多少宣教的力氣與心志呢？
那麼，教會應當作什麼呢？教會原本是「宣教基地」，馬偕認為「每一位基督徒都是一位宣教師」，每一位信主的人都帶有傳福音的使命，「上帝的恩典給予他們，並不只是為了他們本身，同時也是為了要藉由他們來把這恩典傳給別人。」這是馬偕的信仰理念，因此，他總不停息下來：
我為得主的獎賞繼續挺進，在全能上帝面前宣告：就是辛勤作工、歷經艱難、儆醒、禱告與哭泣，還有悲傷與喜樂交織在這16年之間；多少不能成眠的夜晚，無數次瘧疾來襲、不只一次徘徊在死亡的門前，但從未氣餒。榮耀歸於上帝，因祂賜福給為主努力作工的人。
當面對四處宣揚傳好消息，卻屢次被拒絕時：
有人說：「這是多麼令人氣餒啊！」誰說這是令人氣餒的經驗，我不這樣認為，也從來不曾因而氣餒。我們的工作就是去盡我們的責任，而且不論人們認為是令人鼓舞或是令人氣餒，都不干我們的工作。在台灣服事的二十三年裡，我沒有看到任何令人氣餒的事。
